Trong hai cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ, Đảng bộ, chính quyền, quân và dân tỉnh Khánh Hòa đã vận dụng sáng tạo chủ trương, đường lối của Đảng, kinh nghiệm của cha ông để xây dựng nhiều loại hình căn cứ địa phù hợp với điều kiện, hoàn cảnh địa phương và thế trận của cuộc kháng chiến.
Trong hai cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ, Đảng bộ, chính quyền, quân và dân tỉnh Khánh Hòa đã vận dụng sáng tạo chủ trương, đường lối của Đảng, kinh nghiệm của cha ông để xây dựng nhiều loại hình căn cứ địa phù hợp với điều kiện, hoàn cảnh địa phương và thế trận của cuộc kháng chiến.
Các căn cứ địa được tổ chức linh hoạt về phạm vi và phương thức hoạt động, có căn cứ địa cách mạng ở rừng núi, căn cứ du kích ở đồng bằng, căn cứ lõm và các lõm căn cứ ở ven đô thị. Các loại hình căn cứ này hợp thành mạng lưới rộng khắp, đan xen, tạo thành hậu phương tại chỗ cho cuộc chiến tranh nhân dân, góp phần đưa cuộc kháng chiến đi đến thắng lợi cuối cùng.
. Căn cứ Tô Hạp (huyện Khánh Sơn), nơi có thung lũng Tô Hạp và nhiều ngọn núi cao hiểm trở, liên hoàn. Trong kháng chiến chống Mỹ, cứu nước, căn cứ địa Tô Hạp là nơi đứng chân của các cơ quan lãnh đạo, chỉ huy lực lượng vũ trang Khánh Sơn, Cam Ranh và đơn vị quân đội.
Chiến dịch “Thiềm đầu thủy” là cuộc càn quét dài ngày nhất, ác liệt nhất của địch ở Khánh Hòa. Với cuộc càn này, địch âm mưu dồn xúc 15.000 dân ở miền núi để đưa về tập trung ở đồng bằng, nhằm xóa vùng căn cứ của ta. Nhưng sau 75 ngày càn quét, địch không đưa được người dân nào ra khỏi căn cứ mà còn bị tiêu hao nặng nề. Đây là một thất bại nghiêm trọng trong chiến lược “chiến tranh đặc biệt” của Mỹ ở Khánh Hòa. Thung lũng Tô Hạp còn gọi là thung lũng tử thần - trung tâm của cuộc càn quét Thiềm đầu thủy.
. Căn cứ Xóm Cỏ tại xã Sơn Bình (Khánh Sơn) với địa hình có núi Chu Á cao hàng ngàn mét ở phía nam, rừng núi trùng điệp bao bọc ở phía đông, phía tây có hệ thống núi Tà Gụ, phía bắc là thung lũng sông Tô Hạp tạo nên thế an toàn, lại có nhiều suối ngầm, hang động rộng lớn có thể chứa hàng ngàn người. Đây là nơi đứng chân của các cơ quan Liên tỉnh 3 và tỉnh Khánh Hòa trong thời gian đầu chống Mỹ cứu nước.
. Căn cứ Hòn Dữ ở thôn Suối Thơm, xã Khánh Đông, huyện Khánh Vĩnh có núi Đá Đen làm lá chắn vững chắc, che chở kín đáo, bí mật cho các hang động. Do đó, Tỉnh ủy Khánh Hòa đã xây dựng thành căn cứ địa cách mạng vững chắc trong hai cuộc kháng chiến.
. Căn cứ Đồng Trăng - Đất Sét và Đại Điền (huyện Diên Khánh): Trong kháng chiến chống Mỹ, cứu nước, ngày 7-11-1964, quân và dân ta đã vùng dậy giải phóng toàn bộ tứ thôn Đại Điền thuộc xã Diên Sơn và Diên Điền của Diên Khánh, mở đầu cho phong trào đồng khởi của huyện, vùng căn cứ giải phóng của huyện được thành lập. Từ đây, các lực lượng cách mạng phối hợp chặt chẽ với bộ đội của tỉnh và quân khu sát cánh cùng nhân dân chiến đấu xây dựng và bảo vệ vùng giải phóng cho đến ngày thống nhất đất nước.
. Căn cứ Hòn Hèo (thị xã Ninh Hòa) có nhiều đỉnh núi cao, như: Ngọn Hòn Hèo, Hòn Nọc Rơm; có nhiều con suối, như: Suối Mỏ Cày (Ninh Tịnh), suối Cây Sung (Đầm Vân), suối Hoa Lan (Ninh Phú)... Trong kháng chiến chống thực dân Pháp và đế quốc Mỹ, Hòn Hèo là chỗ dựa vững chắc của cơ quan lãnh đạo, là nơi trú quân an toàn của các đơn vị vũ trang của ta để tiến hành các đợt tấn công vào những cứ điểm của địch.
Tại khu vực Hòn Hèo có Đồn Thương Chánh, Ninh Hải. Trong thời kỳ kháng chiến chống thực dân Pháp xâm lược, Đồn Thương Chánh của quân Pháp là đồn thuế quan kiểm soát, nắm độc quyền phân phối, xuất khẩu toàn bộ nguồn muối Hòn Khói, bóc lột trắng trợn nguồn lợi và lao động của diêm dân. Tối 8-5-1948, bộ đội, dân quân đã xâm nhập đánh chiếm đồn, diệt và bắt toàn bộ quân địch, thu chiến lợi phẩm. Chiến công này được cấp trên tặng thưởng Huân chương Quân công hạng Ba.
. Căn cứ Đá Bàn (Ninh Hòa) có diện tích khoảng 102km2 trải dài 2 bên bờ sông Đá Bàn, bốn bề có núi bao bọc. Tháng 3-1951, các cơ quan tỉnh Khánh Hòa từ Hòn Hèo chuyển lên xây dựng căn cứ kháng chiến ở Đá Bàn và lấy mật danh là Căn cứ 148. Từ Đá Bàn, ta có điều kiện mở đường giao thông nối với vùng tự do Liên khu 5 để tiếp nhận chi viện về lương thực, vũ khí của cấp trên thuận tiện và an toàn hơn Hòn Hèo. Trong kháng chiến chống Mỹ, căn cứ Đá Bàn được xây dựng tương đối hoàn chỉnh, là nơi đứng chân của các cơ quan tỉnh Khánh Hòa, huyện Ninh Hòa và Vạn Ninh.
. Căn cứ Đồng Bò (TP. Nha Trang) được thành lập vào cuối năm 1946, có diện tích khoảng 80km2, căn cứ là một vùng với hệ thống những dãy núi cao, hình vòng cung kéo dài, tạo nên bức tường thành kiên cố, có thế “tiến khả dĩ công, thoái khả dĩ thủ”. Trong nhiều giai đoạn lịch sử, cha ông ta đều dựa vào Đồng Bò để giữ nước, chống cường quyền và ngoại xâm. Trong kháng chiến chống Mỹ, chiến khu Đồng Bò (nơi mà địch gọi là “Mật khu Đá Hang”) là nơi các lực lượng chính trị, vũ trang của ta ngày đêm bung ra đánh địch, nã đạn pháo vào các cứ điểm và sân bay Nha Trang. Vào Tết Mậu Thân năm 1968, từ đây, các lực lượng của ta xuất phát tấn công thị xã Nha Trang.